06 aralık 2012 perşembe günü Resmi Gazete'de yayınlanarak yürürlüğe giren 6360 sayılı Büyükşehir Yasası ile Denizli ili, Merkezefendi ve Pamukkale olmak üzere iki ilçeye ayrılmıştır.
20 temmuz 2013 tarihinde yeni Merkezefendi İlçe Kaymakamı ataması yapılmış ve kaymakamlıkta olması gereken birimler oluşturulmaya başlanmıştır.
İlçe müftülüğümüz de 01.01.2014 tarihi itibariyle resmiyet kazanmış ve il müftü yardımcısı Hasan Hüseyin ORTANCA vekâleten atanmış ve eski valilik binasının ikinci katında hizmet vermeye başlamıştır. 15 Mart 2016 Tarihinden itibaren de Sırakapılar Mah. 495 Sok. No. 10 Kat. 1-2 Merkezefendi adresinde hizmet vermektedir.
İlçe müftülüğümüz kuruluş aşamasını tamamladıktan sonra Isparta İl Müftü Yardımcısı olarak görev yapmakta iken, 18.06.2014 tarihinde Merkezefendi İlçe Müftülüğüne atanan Sayın Gencal ŞENYAYLA 11.08.2014 pazartesi günü Merkezefendi İlçe Müftülüğü görevine başlamış ve 16.08.2018'de PAÜ İlahiyat Fakültesine Öğretim Üyesi olarak atanmıştır.
Sonrasında, Denizli Müftülüğünde İl Müftü Yardımcısı iken Denizli Merkezefendi İlçe Müftüsü olarak atanan Sayın Talat ÖZMET, 10.09.2018 tarihi itibariyle görevine başlamış ve halen bu görevi yürütmektedir.
İlçe Müftülüğümüzün 265 personeli bulunmaktadır.
1 Müftü, 2 Şube müdürü, 5 Vaiz, 1 Şef, 6 V.H.K.İ., 2 Şoför, ve 0 Hizmetli kadrosuyla hizmet vermektedir. 139 Camide, 3’ü yatılı olmak üzere 51 Kur’an Kursunda, 42 Mahallede, 129 İmam-Hatip, 39 Müezzin-Kayyım ve 80 Kur’an Kursu Öğreticisi görevlimiz bulunmaktadır.